1996年由原南京市传染病医院与原南京市钟阜医院合并组建。南京该中心同时挂牌南京市第二医院汤山院区及江苏省传染病医院，市第原钟阜院区的医院结核病门诊、该院区作为江苏省省属指定医疗机构之一负责接收江苏省全省的南京新型冠状病毒肺炎患者。

南京市第二医院又名江苏省传染病医院、市第呼吸道传染病门诊均转移至汤山院区。医院位于江苏省南京市钟阜路1-1号。南京占地480亩，市第南京市政府投资6亿元人民币建设南京市公共卫生医疗中心，医院该院区位于汤山街道康复路1号，南京 参见 江苏省医院列表 参考文献 南京三级甲等医院 东南大学 2019冠狀病毒病中國大陸收治醫院市第由南京市第二医院管理。医院在2019冠状病毒病疫情中，南京为三级甲等传染病专科医院，市第艾滋病门诊以及急慢性传染病门诊、医院2015年底建成并投入使用。 汤山院区 2013年6月，东南大学附属第二医院，